Buena predicción de resistencias bacteriana con un test de ADN.

img1Los proveedores de atención de la salud carecen en muchas ocasiones de orientación oportuna para el tratamiento eficaz de las infecciones resistentes a los antibióticos. La prueba fenotípica de sensibilidad a los antimicrobianos (AST) es el método estándar para guiar el uso de antibióticos en la práctica clínica para infecciones en las que se ha cultivado las bacterias causantes. La identificación convencional del organismo basada en el crecimiento y el AST son útiles y rentables, pero lentos, con un tiempo de respuesta total típico de 48 horas. En enfermos de alto riesgo que necesitan atención urgente y en los que tienen infecciones complicadas del tracto urinario, la determinación rápida de la terapia antibiótica adecuada se traduce en mejores resultados de salud, menores costos hospitalarios y mejor administración de antibióticos. Como alternativa a los métodos basados en el crecimiento, las pruebas de diagnóstico molecular detectan rápidamente los genes de resistencia a los antibióticos de los aislados bacterianos cultivados o de las muestras primarias, a las pocas horas de su toma del enfermo y representan una solución potencial atractiva. Sin embargo, las pruebas moleculares existentes a menudo carecen de suficientes genes de resistencia a los antibióticos para predicción completa de la resistencia fenotípica para múltiples clases de antibióticos.

img-2Este estudio evaluó más de 7,500 aislados de Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis y Pseudomonas aeruginosa para predecir la resistencia fenotípica a varias clases de antibióticos a través de la detección de genes de resistencia utilizando una prueba de PCR múltiplex de alto rendimiento y un modelo estadístico. Los aislados bacterianos se originaron en hospitales de seis continentes.

G. Terrance Walker (OpGen, Inc., Gaithersburg, Maryland, USA) y otros 11 autores más de centros americanos de Murray, Salt Lake City, Whitehouse Station, New Jersey y Schaumburg han comunicado en un artículo publicado en Antimicrobial Agents and Chemotherapy los resultados de un test basado en ADN para determinar la resistencia a los antibióticos de bacterias de significación clínica.

Los autores desarrollaron una prueba PCR múltiplex rápida de alto rendimiento y un modelo estadístico y evaluaron aislados clínicos de hospitales de seis continentes altamente resistentes a los antibióticos. Trabajaron con más de 7.500 aislados de Escherichia coli (n=2.919), Klebsiella pneumoniae (n=1.974), Proteus mirabilis (n=1.150) y Pseudomonas aeruginosa (n=1.484) para varios genes de resistencia a los antibióticos y lo compararon con la resistencia fenotípica a las penicilinas, cefalosporinas, carbapenems, aminoglucósidos, cotrimoxazol, macrólidos, y fluoroquinolonas. Los aislados procedían de hospitales de Norteamérica (34%), Europa (23%), Asia (13%), Sudamérica (12%), África (7%) u Oceanía (1%) o eran de origen desconocido (9%)

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img4 Los investigadores desarrollaron métodos estadísticos para predecir la resistencia fenotípica a partir de genes de resistencia para 49 combinaciones de antibióticos y organismos, incluyendo gentamicina, tobramicina, ciprofloxacino, levofloxacino, cotrimoxazol, ertapenem, imipenem, cefazolina, cefepima, cefotaxima, ceftazidima, ceftriaxona, ampicilina y aztreonam. Los valores predictivos positivos promedio para la predicción genotípica de la resistencia fenotípica en los diversos antibióticos para esta cohorte de cepas bacterianas altamente resistentes fueron del 91% para E. coli, 93% para K. pneumoniae, 87% para P. mirabilis y 92% para P. aeruginosa.

En el estudio más completo de su tipo, la tecnología informática de OpGen (Acuitas Lighthouse) predijo rápidamente la resistencia a 15 antibióticos de manera precisa y confiable. A mayor escala, el documento apoya un avance potencial en el esfuerzo mundial para acelerar la rápida detección de la resistencia a los antimicrobianos, y demuestra que un conjunto bien definido de marcadores de ADN puede utilizarse potencialmente para realizar una detección rápida y precisa de la resistencia a los antibióticos en patógenos clave.

img5 Como una extensión del estudio actual, se ha comercializado el panel del gen Acuitas AMR (sólo para uso de investigación). El lote de prueba es una PCR multiplex en tiempo real para la detección semicuantitativa de más 47 de los genes de resistencia a los antibióticos de E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, P. mirabilis y Enterococcus faecalis.

OpGen espera para este año las primeras autorizaciones de la FDA para la prueba.

 

Walker GT, et al. Predicting Antibiotic Resistance in Gram-Negative Bacilli from Resistance Genes. Antimicrob Agents Chemother 2019; DOI: 10.1128/AAC.02462-18