Identificación y secuenciación de todo el genoma del primer caso de Kosakonia radicincitans causante de una bacteriemia humana

1Las especies de Enterobacter son unas de las principales causas de infecciones humanas y son patógenos nosocomiales particularmente prominentes debido a su amplia gama de elementos de resistencia a los antimicrobianos. Los métodos génicos para el análisis de cepas bacterianas han revelado la naturaleza compleja del género Enterobacter que a su vez ha dado lugar a numerosas reclasificaciones del mismo. Un reciente estudio sistemático de cepas previamente clasificadas como miembros del género Enterobacter dio lugar a la creación de cinco géneros distintos, Enterobacter, Lelliottia, Pluralibacter, Cronobacter y Kosakonia. Las cepas del complejo de E. cloacae, que son la causa más común de la enfermedad por Enterobacter en los seres humanos, permanecen en el género Enterobacter.

Los laboratorios de microbiología clínica están utilizando cada vez más técnicas altamente específicas como la secuenciación del ADN y la espectrometría de masas por el sistema MALDI-TOF para identificar patógenos bacterianos. Teniendo en cuenta que las bases de datos de referencia incorporan los cambios recientes en la nomenclatura, habrá una creciente dificultad para los médicos para estar familiarizados con un grupo cada vez más amplio de microorganismos.

2En un estudio, publicado el 24 de enero en la revista Frontiers in Microbiology por varios autores de distintos departamentos de centros tejanos (Anderson Cancer Center, Houston; University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas) y firmado en primer lugar por Micah D. Bhatti, los investigadores han informado de la primera infección en un ser humano causada por una especie de Kosakonia y el uso de análisis de todo el genoma del aislado para identificar la variante y los aspectos conservados de virulencia y resistencia a los antimicrobianos presentes en las especies de Kosakonia relacionadas con E. cloacae y otras similares.

La bacteria se aisló en un hemocultivo y fue etiquetada como Enterobacter cloacae por la metodología del sistema Vitek2, pero luego identificada como Kosakonia radicincitans utilizando medios 3genéticos. La comparación de la secuenciación del genoma completo del aislado de K. radicincitans con otros genomas de Kosakonia publicados reveló que estos microorganismos carecen de la β-lactamasa AmpC presente en el cromosoma de Enterobacter spp. Un operón de de fimbrias, encontrado principalmente en aislados de Escherichia coli O157: H7, estaba presente en el microorganismo detectado por los autores y otros genomas disponibles de K. radicincitans. Este es el primer informe de una especie Kosakonia, género que se asocia típicamente con las plantas, causando una infección humana.

El enfermo en el que se detectó la bacteria era un hombre de 61 años con colangiocarcinoma atendido en el Centro del Cáncer MD Anderson en Houston, TX, EE.UU., con antecedentes de un día de fiebre, escalofríos y dolor abdominal. Al ingreso, se encontraba febril a 38,5 °C, presión arterial 105/63, frecuencia cardíaca 111 / min y frecuencia respiratoria 24 / min. El examen físico fue irrelevante. El recuento de glóbulos blancos fue de 15.000 / μl con 89 % de neutrófilos. Se le diagnosticó sepsis y se le ingresó en el hospital para recibir terapia con piperacilina-tazobactam. Dos grupos de hemocultivos fueron positivos para un organismo identificado inicialmente como E. cloacae ssp. cloacae. La tomografía computarizada del abdomen no mostró ningún absceso intraabdominal. La fiebre remitió con terapia antibiótica y fue dado de alta después de 14 días llevando ciprofloxacino oral. Un año más tarde, no había tenido más infecciones.

Actualmente hay diez genomas de Kosakonia en la base de datos de NCBI, tres de K. radicincitans, dos de K. sacchari y K. oryzae, y uno de cada uno de K. cowanii, K. oryziphila y K. oryzendophytica, aunque K. sacchari no ha sido claramente asignada al género Kosakonia.

Este trabajo recibió el apoyo de los Institutos Nacionales de Alergia y Enfermedades Infecciosas de los Institutos Nacionales de Salud (R01AI089891 a SS), un premio R. Lee Clark Fellow de MD Anderson (SS) y el apoyo del MD Anderson Cancer Center P30CA016672 (Bioinformatics Shared Resource)

Bhatti MD, et al. Identification and whole genome sequencing of the first case of Kosakonia radicincitans causing a human bloodstream infection. Front Microbiol 2017; 8:62. doi: 10.3389/fmicb.2017.00062